Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tatbikat Camisi'ndeki cenaze namazına Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın yanı sıra, Hazine ve Maliye Bakanı Berat Albayrak, Aile ve Sosyal Politikalar Bakanı Zehra Zümrüt Selçuk, AK Parti Genel Başkanvekili Numan Kurtulmuş, İstanbul Valisi Ali Yerlikaya, Konya Büyükşehir Belediye Başkanı Uğur İbrahim Altay ve milletekilleri de katıldı.
Cumhurbaşkanı Erdoğan cenazede kısa bir konuşma yaparak, "Gerçekten duruşuyla, dini mübini İslama olan özellikle bağlılığı, sadakatiyle çok çok farklı bir insandı. Geride bıraktığı ailesi, kerimesi bizim şu anda aynı zamanda da davada yol arkadaşımız. Beraberce şu anda bu mücadeleyi de sürdürüyoruz. Fakat hocanın ifade ettiği o duruş hakikaten asil, tam bir İslam'a yakışan duruş ile son olarak Konya'daki toplantımızda beraber olduk" dedi.
Alaaddin Şahin, Ihlamurkuyu Mezarlığı'na defnedildi.