Galatasaray’da başladığı antrenörlük stajının ardından Fenerbahçe altyapısında göreve başlayan, sonrasında Başakşehir, Konyaspor, Altay, Akhisar Belediyespor takımlarından yardımcı antrenörlük yapan Mustafa Alper Avcı, 2017 yılında UEFA Pro Lisans almış ve 1922 Konyaspor’un başına geçmişti.
Konya’daki yol ayrılığının ardından Altay, Şanlıurfaspor, Hekimoğlu Trabzonspor’da da teknik direktörlük yapan Avcı, ülke dışında çalışmaya karar verdi ve 2021 yılında İngiltere’de Port Vale ve Chorley'in altyapısına kabul edildi.
Burada yaptığı başarılı çalışmalarla İngiliz devinin dikkatini çeken Alper Avcı, akademide çalışması için gelen teklifi kabul etti.
Avcı geçtiğimiz sezonun şampiyonu Pep Guardiola’nın altında hizmet verecek.