TFF 1. Lig'de 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak tarihide ilk kez Süper Lig'de yükselen sarı-siyahlı ekip, üçüncü sezonunda küme düşme üzüntüsü yaşadı.
Süper Lig'de üçüncü sezonunu geçiren ve ilk yarıdaki ofansif performansıyla dikkati çeken Malatya ekibi, ligin ikinci yarısında bu performansını sürdüremedi.
Sezonun ilk yarısında teknik direktör Sergen Yalçın ile çalışan sarı-siyahlılar, bu süreçte 6 galibiyet, 6 beraberlik ve 5 mağlubiyet alarak devre arasına 24 puanla 8. sırada girdi. Sarı-siyahlılar, 17 maçta rakip fileleri 32 kez havalandırırken, kalesinde ise 22 gol gördü.
Ligin ilk yarısında başarılı bir grafik çizen BtcTurk Yeni Malatyaspor, sezonun ikinci yarısında ise kötü performans gösterdi.
Sezonun ikinci yarısında teknik direktör Kemal Özdeş ile çalışan ancak istediğini bulamayan sarı-siyahlılar, son olarak deneyimli teknik adam Hikmet Karaman ile çalıştı. Malatya ekibi Karaman idaresinde çıktığı maçlardan da istediği sonuca ulaşamadı.
Sezonun ikinci yarısı sadece 8 puan toplayabilen Yeni Malatyaspor, 34. haftayı 32 puanla 16. sırada tamamlayarak küme düştü.